Das Departamento de Chocó besteht aus 31 Gemeinden (Municipios). Diese untergliedern sich in einen Gemeindekern (Cabecera Municipal) und dem Umland (Resto Rural). Das Umland wiederum wird weiter unterteilt in sogenannte Polizeiinspektionen (Inspecciónes de Policía Municipal), kleinere Ämter (Corregimientos), Siedlungszentren (Centros Poblados)...